പീഡനശ്രമത്തിനിടെ ഗംഗേശാനന്ദയുടെ ജനനേന്ദ്രിയം മുറിച്ച കേസ് ക്രൈംബ്രാഞ്ചിന്റെ പ്രത്യേക സംഘം അന്വേഷിക്കും. കേസിൽ ദുരൂഹതയുണ്ടെന്നും ഉന്നതർക്ക് അടക്കം പങ്കുണ്ടെന്നും ക്രൈംബ്രാഞ്ചിന്റെ പ്രാഥമിക അന്വേഷണത്തിൽ കണ്ടെത്തിയിരുന്നു. ഡിവൈഎസ്പി കെആർ ബിജുവിനാണ് അന്വേഷണ ചുമതല. പീഡിപ്പിക്കാൻ ശ്രമിച്ചെന്ന് പെൺകുട്ടി നൽകിയ പരാതിയിലും പെൺകുട്ടിയുടെ അമ്മ നൽകിയ മൊഴിയിലും പൊരുത്തക്കേടുണ്ടെന്ന് നേരത്തെ തന്നെ ആക്ഷേപമുണ്ടായിരുന്നു. സംഭവത്തിൽ പെൺകുട്ടിയുടെ പങ്കും ഇവരുടെ കാമുകന്റെ പങ്കും അന്വേഷിക്കും.
പീഡന ശ്രമത്തിനിടെ ഗംഗേശാനന്ദയുടെ ജനനേന്ദ്രിയം മുറിച്ചെന്ന പരാതിയിൽ നിന്ന് പെൺകുട്ടി പിന്നീട് പിന്മാറിയിരുന്നു. കേസിന്റെ അന്വേഷണത്തിൽ വീഴ്ചയുണ്ടായെന്ന് ക്രൈംബ്രാഞ്ചിന്റെ പ്രാഥമിക അന്വേഷണത്തിൽ വ്യക്തമായിരുന്നു. പെൺകുട്ടി ഉന്നയിച്ച പരാതി വ്യാജമാണെന്ന് കാണിച്ച് പ്രതി ഗംഗേശാനന്ദ നൽകിയ പരാതിയിലാണ് ക്രൈംബ്രാഞ്ച് പ്രാഥമിക അന്വേഷണം നടത്തിയത്. കേസിൽ ഗംഗേശാനന്ദയുടെ ശിഷ്യന്റെ പങ്കും അന്വേഷിക്കും.ഇക്കാര്യവും ഗംഗേശാന്ദ പരാതിയിൽ ഉന്നയിച്ചിട്ടുണ്ട് കേസ് അന്വേഷിക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് ലോക്കൽ പൊലീസിന് നൽകിയ പരാതിയാണ് ക്രൈംബ്രാഞ്ചിന് കൈമാറിയത്.