സഭാ തർക്കത്തിൽ പ്രധാനമന്ത്രി ഇടപെടുന്നതിൽ തെറ്റില്ലെന്ന് മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയൻ. ഇരുവിഭാഗങ്ങളും തമ്മിലെ തർക്കം ക്രമസമാധാന പ്രശ്നമായി വളർന്ന പ്രശ്നമായി വളരുകയാണ്. വിഷയത്തിൽ പ്രധാനമന്ത്രി ഇടപെടുന്നത് സ്വാഗതാർഹമാണെന്നും മുഖ്യമന്ത്രി തൃശ്ശൂരിൽ വാർത്താ സമ്മേളനത്തിൽ പറഞ്ഞു. പ്രശന പരിഹാരത്തിനായി പ്രധാനമന്ത്രി ഇടപെട്ടതിൽ അസ്വാഭാവികതയില്ലെന്നും മുഖ്യമന്ത്രി കൂട്ടിച്ചേർത്തു.
മലങ്കര സഭയിലെ തർക്കം പരിഹരിക്കുന്നതിനായി പ്രധാനമന്ത്രി നരേന്ദ്ര മോദി യാക്കോബായ വിഭാഗവുമായി ചർച്ച നടത്തി. പള്ളിത്തർക്കത്തിൽ തങ്ങൾക്ക് അനുകൂലമായ സുപ്രീം കോടതി നീതി നിഷേധിച്ചെന്ന് പ്രധാനമന്ത്രിയെ അറിയിച്ചതായി യാക്കോബായ വിഭാഗം അറിയിച്ചു. വിഷയത്തിൽ പ്രധാനമന്ത്രിയുട ഇടപെടൽ അഭ്യർത്ഥിച്ചതായും യാക്കോബായ പ്രതിനിധികൾ ചർച്ചക്ക് ശേഷം മാധ്യമങ്ങളോട് പറഞ്ഞു. ഭൂരിപരക്ഷത്തിന്റെ അവകാശങ്ങൾ ഹനിക്കപ്പെട്ടു. പള്ളി അന്യായമായി കയ്യേറുന്നതിൽ പ്രധാനമന്ത്രിയുടെ ഇടപെടൽ ആവശ്യപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. ഭരണാധികാരികളിൽ നിന്ന് തുല്യനീതിയാണ് പ്രതീക്ഷിക്കുന്നത്. പ്രധാനമന്ത്രിയുടേത് തുറന്ന സമീപനമാണ്. വിധിയിലെ നീതിനിഷേധമാണ് ചർച്ച ചെയ്യേണ്ടത്. സുപ്രീം കോടതി വിധി നടപ്പാക്കുന്നത് സംബന്ധിച്ച് ചർച്ച ആവശ്യമില്ല. കോടതി വിധി നിലനിൽക്കെ തന്നെ സർക്കറുകളുകൾക്ക് ഇടപെടാനുള്ള സാഹചര്യമുണ്ടെന്നും യാക്കോബായ പ്രതിനിധികൾ അഭിപ്രായപ്പെട്ടു.
പ്രശ്ന പരിഹാരത്തിനായി മുഖ്യമന്ത്രി യാക്കോബായ- ഓർത്തഡോക്സ് വിഭാഗങ്ങളുമായി മുഖ്യമന്ത്രി ചർച്ച നടത്തിയിരുന്നു. എന്നാൽ ഇരുവിഭാഗങ്ങലും തങ്ങളുടെ നിലപാടിൽ ഉറച്ചു നിന്നതോടെ ചർച്ച വിഫലമാവുകയായിരുന്നു. തുടർന്നാണ് ബിജെപി സംസ്ഥാന നേതൃത്വത്തിന്റെ ആവശ്യപ്രകാരം പ്രധാനമന്ത്രി ഇരുവിഭാഗവുമായി ചർച്ച നടത്തിയത്. ഈ ചർച്ചയിലും ഇരുവിഭാഗങ്ങളും തമ്മിൽ വിട്ടുവീഴ്ചക്കില്ലെന്ന് നിലപാടിൽ ഉറച്ചുനിന്നു.